Nach dem Austeilen der Handkarten zu Beginn werden die Spielerkarten in mehrere gleich hohe, verdeckte Stapel aufgeteilt. Die Anzahl der Stapel stimmt mit der Anzahl der verwendeten Epidemiekarten überein, je nach Schwierigkeitsgrad:

Je eine Epidemiekarte wird verdeckt in jeden Stapel eingemischt. Dann werden diese einzelnen Stapel als finaler Spielerkarten-Nachziehstapel aufeinandergelegt.