Wenn ein Spieler die erste „Bösartiger Erregerstamm“-Epidemiekarte zieht, wird der bösartige Erregerstamm für den Rest des Spiels festgelegt. Nach erfolgtem Infizieren durch diese Karte wird nun die Krankheit mit den meisten Würfeln auf dem Spielbrett zum bösartigen Erregerstamm.
Wenn mehrere Krankheiten mit jeweils derselben Anzahl von Würfeln auf dem Spielbrett vertreten sind, dann wird der bösartige Erregerstamm zufällig aus diesen Krankheiten ausgewählt.
Sobald der bösartige Erregerstamm festgelegt ist, wird er durch Einsatz spezieller Würfel kenntlich gemacht und so von den normalen Krankheiten unterschieden.
