Zusätzlich zu den Auswirkungen auf die Epidemie hat jede einzelne „Bösartiger Erregerstamm“-Epidemiekarte auch noch einen Effekt, der sich ausschließlich auf die durch den bösartigen Erregerstamm hervorgerufene Krankheit auswirkt.
Einige Karten haben einen anhaltenden Effekt. Diese beeinflussen das Spiel auch, nachdem die Epidemie abgeworfen wurde.
Andere haben einen unmittelbaren Effekt und treten vor dem Schritt „Epidemie intensivieren“ in Kraft.